Организационная структура МВШМ выстроена в соответствии с основными принципами и международными стандартами образования, служащими залогом успешной деятельности современного медицинского учебного заведения. Существующая организационная структура школы позволяет адаптировать внешнюю и внутреннюю политику в области образования в соответствии с ценностями нашего вуза, а также открывает широкие возможности администрации, преподавателям и студентам МВШМ принимать участие во многих сферах учебной, исследовательской и лечебной деятельности.

МВШМ имеет 14 структурных административных подразделений, 15 кафедр, Иссык-Кульский региональный кампус, Советы, Комитеты и организации. Собственная инфраструктура МВШМ представлена Клиниками и Учебно-клиническими Комплексами.

Студенческое сообщество представлено 4 независимыми студенческими организациями и ассоциациями.

Руководство МВШМ осуществляется Ректором - Ахунбаевым Стальбеком Медеровичем, предоставляющим соответствующие полномочия проректорам, входящим в административный орган управления вуза, которые осуществляют курирование конкретных направлений деятельности МВШМ.

Кафедры МВШМ являются главными структурными подразделениями вуза, осуществляющими реализацию образовательных программ на додипломном и последипломном уровне, выполнение научно-исследовательских и учебно-методических изысканий высококвалифицированным профессорско-преподавательским персоналом.