Эл аралык жогорку медициналык мектебинин (ЭАЖММ) уюштуруу түзүмү заманбап медициналык билим берүү мекемесинин ийгиликтүү иштешинин ачкычы болгон билим берүүнүн негизги принциптерине жана эл аралык стандарттарына ылайык түзүлгѳн. Мектептин учурдагы уюштуруу түзүмү билим берүү чөйрөсүндөгү тышкы жана ички саясатты биздин университеттин баалуулуктарына ылайыкташтырууга мүмкүндүк берет, ошондой эле ЭАЖММынын администрациясы, окутуучулар жана студенттер үчүн билим берүү, изилдөө жана дарылоо ишмердүүлүгүнүн көптөгөн тармактарында катышууга кеңири мүмкүнчүлүктөрдү ачат.
ЭАЖММынын курамында 16 түзүмдүк бөлүм, 15 кафедра, кесиптик бирлик комитет, Ысык-Көл аймактык кампусу, виртуалдык клиникалар, "Веданта" медициналык борбору жана аймактык "Веданта Ысык-Кѳл" медициналык борбору жана уч студенттик уюм бар.